Plateau de bioinformatique

Le plateau de bioinformatique de l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA) a été créé en janvier 2012 et a pour objectif de mutualiser les moyens et les compétences en bioinformatique de l'ISA afin de prendre en charge et d'optimiser le traitement des données des projets « omiques » de plus en plus nombreux. L'activité du plateau est centrée sur l'analyse de séquences dans le domaine des interactions plantes-microorganismes. Il mutualise ses efforts autour du développement de programmes et d'outils originaux pour répondre au mieux aux besoins des biologistes et aux questions scientifiques spécifiques posées.

Mis à jour le 11/02/2013
Publié le 11/02/2013
Mots-clés : PLATEAU - PLATEFORME

Missions

  •     Traiter les données « omiques » des projets des équipes de l'Institut Sophia Agrobiotech

        Accompagnement au montage de projets ;
        Développement de pipelines adaptés aux questions biologiques spécifiques posées ;
        Expertise et déploiement de logiciels existants ;
        Conception, développement et maintien de bases de données interfacées web ;
        Développement et maintien de portails spécifiques à certains modèles d'étude ;
        Expertise en annotation de famille multigénique ;
        Encadrement d'étudiants, stagiaires.

  •     Mettre en place des formations pour accompagner les biologistes dans l'analyse de leurs données

        Formations générales sur des thématiques bioinformatiques (ex. annotation structurale et fonctionnelle de gènes) et/ou sur des outils spécifiques de bioinformatique (ex. Integrative Genomique Viewer IGV) ;

        Formations sur les outils développés par le plateau ;
        Formations d'initiation en informatique (ex. initiation au langage PERL).

  •     Concevoir et développer des applications génériques originales

Participation au développement et au déploiement d'une architecture orientée services pour l'analyse des données RNAseq, libre d'accès, proposant des services répartis sur 8 machines localisées sur 7 sites (projet BIOS http://bios.toulouse.inra.fr, INRA AO BD2009 et 2010) ;

    

    Développement d'un environnement dédié à l'annotation experte de familles multigéniques (projet EXANOTA actuellement en cours de développement, AIP BioRessource 2010).

Emeline Deleury
Institut Sophia Agrobiotech
Inra PACA
400, route des Chappes
BP 167
06903 Sophia Antipolis Cedex

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