Le caractère pluridisciplinaire des activités du centre favorise le développement de nombreuses collaborations avec les organismes de recherche, les universités françaises notamment provençales et languedociennes et de nombreux partenariats avec le monde agricole et industriel tant au niveau local que national.

Les recherches sont souvent conduites en partenariat avec les universités françaises et étrangères, notamment du bassin méditerranéen, les grands organismes de recherche, les organismes interprofessionnels et les industriels, les collectivités territoriales et services déconcentrés de l’État. Le centre Inra est membre et administrateur de pôles de compétitivité et bénéficie des dynamiques qu’ils impulsent. Il s’agit du Pôle Européen d’Innovation Fruits et Légumes et du Pôle Gestion des Risques et Vulnérabilité des Territoires qui sont au niveau régional labellisés "Pôle Régional pour l’Innovation et le Développement Economique Solidaire" (PRIDES). Le centre PACA est également partenaire d’Agroparc (technopôle régionale agroalimentaire d'Avignon qui associe enseignement, recherche, transfert et développement) ainsi que de PERSAN, Pôle Enseignement et Recherche de Sophia-Antipolis Nice, qui regroupe tous les organismes publics de recherche et d'enseignement supérieur présents dans le département des Alpes-Maritimes. Par ailleurs, il fait partie de la fédération de recherches en environnement ECCOREV, de la fédération de recherches pour la valorisation des produits végétaux naturels - qualité et environnement TERSYS, et du réseau thématique de recherches avancées de la fondation Agropolis à Montpellier (RTRA).