Le pôle "Européen d’Innovation Fruits et Légumes" a vocation à renforcer la filière Fruits et Légumes autour d’une dynamique d’innovation, tout en contribuant à l’augmentation de la consommation de fruits et légumes par la population. Le président de centre est vice-Président de ce pôle créé en 2005. Le pôle a labellisé un certain nombre de projets présentés par les Unités.

Le pôle "Gestion des Risques et Vulnérabilité des Territoires" vise à rendre lisible l’expertise de la Région PACA en matière de risques naturels et technologiques. Ce pôle porte sur la mise en application d’une démarche d’intelligence économique pour la gestion des risques naturels (incendies, inondations, mouvements de terrains, avalanches), des risques industriels et technologiques (nucléaire, chimique, risques urbains sanitaires, gestion des transports), des risques urbains et des systèmes intégrés. Deux domaines d’activité sont plus particulièrement importants pour le centre : les risques naturels (études de la vulnérabilité des territoires aux changements globaux) et systèmes intégrés et technologies transverses (systèmes d’observation spatiaux).