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- d’un Biacore 3000 ;
- d’un couplage LC-MS/MS.
Ce plateau a été monté par l’UMR IBSV (Interactions Biotiques et Santé Végétale). Il est géré par Aurélie Seassau aidée par des référents scientifiques (David Pauron et Michel Ponchet).
Le BIAcore 3000, acquis en janvier 2008, est un appareil de résonance plasmonique de surface (SPR) qui permet d’étudier les interactions entre 2 molécules, un ligand et un analyte. Ces molécules doivent être de taille supérieure à 200 Da. Typiquement les ligands sont des protéines, des acides nucléiques ou des polysaccharides. Le ligand est immobilisé de manière covalente sur un support appelé « sensorchip ». Si un analyte circulant à proximité du ligand possède une affinité suffisante pour ce dernier, ils s’associeront. Cette association produit un signal quantifiable. L’appareil peut donc mesurer la quantité d’analyte fixé (affinité) ainsi que les vitesses d’association et de dissociation (paramètres cinétiques). Cette interaction est étudiée en temps réel et sans marquage et sa mesure est fonction de la masse des molécules étudiées. Quelques exemples d’applications : interactions anticorps/ antigène, enzyme/substrat, récepteur/effecteur…
Le couplage LC-MS/MS, acquis en février 2010, est composé d’une chaine HPLC et d’un spectromètre de masse. L’HPLC (nano et micro colonnes) permet de séparer les composants d’un échantillon et de les analyser en temps réel en spectrométrie de masse, ce qui permet d’identifier rapidement les molécules présentes dans l’échantillon. Les molécules peuvent être des protéines, des peptides, des métabolites. Le spectromètre de masse est un instrument d’analyse permettant de mesurer la masse d’une molécule, ainsi que celle de ses fragments générés par collision. On peut alors reconstituer la structure de cette molécule. Quelques exemples d’applications : identification de protéines, séquençage de peptides, identification structurale de petites molécules, détection et dosage d’une molécule connue à partir d’un échantillon complexe.
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| Le couplage LC-MS/MS (Ultimate 3000 RSLC de Dionex – MicrOTOF-QII de Bruker |
Le BIAcore 3000 |
Réseaux
Pour sa composante LC-MS/MS, le plateau fait partie du réseau MassProt'INRA qui regroupe les plateaux et plateformes de spectrométrie de masse INRA appliqués à la protéomique.
Financements
- le couplage LC-MS/MS a été financé par CPER ;
- le Biacore a été financé par l'Inra, le conseil régional PACA et l'université de Nice.
Aurélie Seassau
Interactions Biotiques et Santé Végétale
Inra PACA
400, route des Chappes
BP 167
06903 Sophia Antipolis Cedex
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