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Plateforme rattachée à l'unité Interactions Biotiques et Santé Végétale.
Présentation
La plateforme est installée au sein de l’unité d’Interactions Biotiques et Santé Végétale (IBSV) sur le site de l'Inra. Elle a pour vocation la fabrication de puces à façon (microarrays), la conduite des expériences de transcriptome et l'analyse des résultats.
Equipement
Cette plateforme comprend :
- 1 pièce technique pour le dépôt en microarray avec un robot de spotting ;
- 1 laboratoire pour la production et l’hybridation des cibles fluorescentes sur microarrays et un scanner Genepix pour la lecture des microarrays.
Activités et prestations
- amplification PCR à haut débit (en plaque 96) ;
- purification de produits PCR à haut débit (en plaque 96) ;
- dépôt sur lames de verre (microarray) Un robot de spotting est accessible sur notre plate forme. Il s’agit d’un ChipWriterPro (Virtek, Biorad) qui permet de réaliser des microarrays sur lame de verre (produits PCR ou oligonucléotides). Le dépôt en microarray s’effectue par capillarité via des aiguilles. La densité de dépôts est d'environ 20000 gènes par lame. Nous ne fournissons pas les consommables mais les références sont disponibles sur demande ;
- dosage d’acides nucléiques (ou protéines) sur Nanodrop ;
- synthèse de cibles fluorescentes pour microarrays à partir d’ARN totaux ou messager, il est possible de réaliser la transcription inverse et le marquage direct ou indirect par des cyanines 3 et 5, jusqu’à obtenir des cibles fluorescentes, validées et quantifiées, prêtes pour l’hybridation des microarrays. Les kits (actuellement Promega) et les produits chimiques peuvent être fournis, à prix coûtant, par notre laboratoire ;
- hybridation de microarrays avec les chambres d’hybridation individuelle Corning ;
- scanning des lames hybridées Scanning des lames hybridées Un Axon Instruments Genepix 4000 B permet de scanner les lames de microarrays hybridées grâce à un double laser adapté aux cyanines 3 et 5. Le logiciel Genepix Pro permet d’extraire les données numériques et de générer des fichiers exportables vers un tableur ;
- traitement bioinformatique des données (par nos soins). Les fichiers générés par GenePix peuvent provenir d'expériences à deux ou plusieurs sources d'ARN. Ils sont directement utilisés par l'outil d'analyse des données qui permet de normaliser les valeurs d'expression, puis de les analyser (analyses statistiques de type ANOVA, data mining). Nos données sont stockées sur le serveur de la plateforme CNRS de Sophia Antipolis (P. Barbry, K. Lebrigand, www.microarray.fr). L'outil Mediante developpé par K. Lebrigand nous permet d'avoir des fichiers de résultats directement exportable pour les soumissions à GEO et permet le partage des données de microarrays (MIAME) entre les collaborateurs d'un projet ou en vue de publication.
Localisation
La plateforme Transcriptome - Génomique Fonctionnelle Sophia Antipolis est un plateau technique à vocation régionale, n’assurant pas d’activité de service. Il fait partie de la plateforme de transcriptomique de Nice-Sophia Antipolis ( www.microarray.fr).
Sur ce plateau il n’y a pas de personnel technique affecté spécifiquement à la réalisation de projets extérieurs. Ainsi, après acceptation de votre demande, un membre de votre équipe doit venir se former à l’utilisation de l’appareillage, afin d’acquérir l’autonomie nécessaire à la conduite de vos expérimentations. Notre encadrement consiste à vous fournir notre expertise, nos protocoles (le cas échéant) ainsi que l’ensemble des indications nécessaires pour mener à bien votre projet (ex : références des consommables, des réactifs…etc).
Pour obtenir les tarifs des différentes activités vous pouvez nous contacter par mail.
Il vous faut adresser une demande d’utilisation de matériel plate forme, par mail, au responsable de la plate forme, Frédérique Hilliou.
Vous recevrez alors par courrier électronique un formulaire (description de votre demande et coût HT) qu’il faudra remplir, signer et renvoyer en format papier accompagné d’un bon de commande de votre organisme.
Soumissions des échantillons et tarifs
Avant de soumettre des échantillons, vous devez prendre contact avec F. Hilliou afin de définir la technologie à utiliser et les conditions de préparations des échantillons. Les prestations sont rendues soit sous forme de collaboration soit sous forme de service. Dans le cas d'une collaboration, le laboratoire porteur du projet scientifique assume les frais de fonctionnement. Dans le cas d'un service, le laboratoire porteur du projet scientifique assume non seulement les frais de fonctionnement mais aussi les frais d'expertise. Dans tous les cas nous consulter pour connaître les tarifs.
 Frederique Hilliou
Tél. : +33 (0)4 92 38 65 78
Plateforme de transcriptome génomique fonctionnelle - Interactions Biotiques et Santé Végétale
Inra PACA
400, route des Chappes
BP 167
06903 Sophia Antipolis Cedex
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